Την αξιοπιστία των μετρήσεων του ΠΑΚΟΕ αμφισβητεί χημικός που εργάστηκε στο Κέντρο κάποια χρόνια και υπήρξε ο ίδιος υπεύθυνος αρκετών δημοσιεύσεων. Με δημόσια κριτική του στο Google ο Πέτρος Κορωναίος προ 6 μηνών αξιολόγησε με 1 στα 5 «αστέρια» τη σελίδα του ΠΑΚΟΕ και έγραψε στα Αγγλικά (εδώ σε μετάφραση):

«Ως χημικός που έχει εργαστεί εκεί θα πρέπει να πω ότι η ακρίβεια της δουλειάς τους (λόγω του κακού εξοπλισμού) δεν είναι πολύ καλή – ο εξοπλισμός που μας δόθηκε όταν συνεργαστήκαμε δύο από εμάς θα ήταν καλός για το 1900, αλλά δεν είναι κατάλληλος για το 2018, όταν πήγα εκεί».

Την αυθεντικότητα της μαρτυρίας και την ταυτότητα του χρήστη επιβεβαίωσε το ίδιο το ΠΑΚΟΕ που απάντησε στο σχόλιο αυτό γράφοντας για τον καταγγέλλοντα ότι «ο ίδιος έχει υπογράψει μελέτες και έρευνες, 30 περίπου» και ότι «έχει αποχωρήσει τουλάχιστον δύο χρόνια πριν». Περαιτέρω ο διαχειριστής του λογαριασμού του ΠΑΚΟΕ γράφει ότι «οι κατηγορίες αυτές είναι αβάσιμες, ψευδείς και συκοφαντικές και για αυτό επιφυλασσόμαστε κάθε νόμιμου δικαιώματός μας».

Γεγονός είναι ότι οι φωτογραφίες που δημοσιεύει το ίδιο το ΠΑΚΟΕ στις εκδόσεις και στην ιστοσελίδα του από τη διαδικασία των υδροληψιών φανερώνουν κάποιες εντελώς ερασιτεχνικές μεθόδους: Ανώνυμος συνεργάτης του κέντρου χωρίς γάντια, πάνω σε ένα πορτ παγκάζ αυτοκινήτου φαίνεται να καταγράφει επαναχρησιμοποιημένα γυάλινα βαζάκια από προϊόντα τροφίμων αντί για αποστειρωμένα δοχεία, σε συνθήκες που μόνο εργαστηριακές δεν φαίνονται.